Jensen, F., 2011: Biodiversiteten af faunaen i mindre søer i danske nationalparker. – Rapport til Kulturarvsstyrelsen. 40 sider+bilag 36 sider.

Hansen, M. D. D., K. Olsen, P. Gjelstrup, H. Sell & F. Jensen, 2010: Gravhøjes og råstofgraves betydning for bevarelse af den biologiske mangfoldighed i Nationalpark Mols Bjerge. – Rapport til Kulturarvsstyrelsen. Naturhistorisk Museum. 20 s.

Jensen, F., 2009: Ferskvandsbiologiske undersøgelser i Nationalpark Thy 2008-9. Rapport til Kulturarvsstyrelsen. 82 sider.

Jensen, F. & Pagh, S. 2009: Til kamp mod dræbersneglene: Bevar deres skjulesteder! Haven 3: 23-25

Jensen, F., 2008: Vandremuslingen har nået Bjerringbro i Gudenåen. – Gejrfuglen 44: 40-41.

Jensen, F., 2008: Stillehavsøsters, Amerikansk knivmusling og Vandremusling. – Gejrfuglen 44: 22-26.

Jensen, F., 2008: Vandremuslingen i Danmark. – Kaskelot 170: 26-29.

Pagh, S. & Jensen, F., 2008: Dræbersneglen Arion lusitanicus - Æglægningssteder, efterårsskjul og aktuelle fjender. Rapport for Skov- og Naturstyrelsen og Det Danske Haveselskab. 58p. Pdf

Holm, T. E., H. Sell & P. Lange, 2007: Effektstudier på biodiversitet – lineære habitater. – http://www.friluftseffekter.dk

Pagh, S., F. Jensen, C. Ditlefsen & T. Skytte, 2006: Udbredelse og hyppighed af Iberisk Skovsnegl (Arion lusitanicus) i Danmark 1998 og 2003. – Flora og Fauna 112: 65-73.

Jensen, F., 2006: Den store sneglejagt. Rapport til Friluftsrådet. – Naturhistorisk Museum. 14 sider.

Jensen, F., 2006: Døgnfluer, slørvinger, kvægmyg, ferskvandsfisk og særligt værdifulde vandløbslokaliteter i Storstrøms Amt. I: Hjorth, D. (red.): Rødlistede ferskvandsdyr i Storstrøms Amt 2005. – Storstrøms Amt. 27-39, 101-107, 107-113, 157- 167 og 175-177.

Jensen, F., 2005: Blæksprutter. – Natur og Museum 44, 2: 36 sider.

Jensen, F., M. D. D. Hansen, S. Tolsgaard, L. Haugaard & T. S. Jensen, 2005: Naturregistreringer i Søhøjlandet. – Naturhistorisk
Museum. 110 sider.

Skriver, J., F. Jensen & P. Holm, 2005: Slørvingen Perlodes microcephalus i fremgang. – Flora og Fauna 111: 95-105.

Jensen, F., 2004: Simuliefluen – verdens nemmeste flue. – Ferskvandsfiskeribladet 102: 190-191.

Jensen, F., 2004: Vandremuslingen Dreissena polymorpha. – Gejrfuglen 40: 34-37.

Bruun, L., R. Bygebjerg, K. Flensted, K. Fog, F. Jensen, M. Stoltze, S. Tolsgaard, J. Vesterholt & P. Wiberg-Larsen, 2004: Skønmaleri af naturens tilstand. – DMU-Nyt nr. 4, www.dmu.dk/viden/publikationer/dmunyt/2004-4/redlistRet.asp.

Jensen, F., 2002: Retablering af Gamst Sø. - En vurdering af mulighederne for at der vil opstå en myggeplage som en konsekvens af retableringen. - Intern rapport til Ribe Amt. 4 sider.

Jensen, F., 2001: Introduktion af arter til de ferske vande. - I: Invasive arter og GMO'er - nye trusler mod naturen. - Temarapport 1. Naturrådet. Side 48-57.

Jensen, F. & F. Torp Petersen, 2001: Simuliidae. - I: Petersen, F. T. & R. Meier: A preliminary list of the Diptera of Denmark.- Steenstrupia vol. 26: 161.

Jensen, F., 2000: Established introduced species in freshwater environment. - I: Weidema, I. R. (red): Introduced species in the Nordic Countries. - Nordisk Råd, Nord vol. 2000, nr. 13. Bidrag til Annex B: 205-242.

Jensen, F., & V. Mahler, 2000: Udviklingen i vandløbenes smådyrsfauna i Ribe Amt fra 1900 til 1999. Foreløbig rapport. - Ribe Amt. 41 sider.

Jensen, F., & V. Mahler, 2000: Faunaudviklingen i vandløb i Sønderjyllands Amt 1907-1999. Foreløbig rapport. - Sønderjyllands Amt. 36 sider.